(1999年駭客任務一)
在矩陣中生活的一名年輕的網路駭客尼奧發現,看似正常的現實世界實際上似乎被某種力量控制著,尼奧便在網路上調查此事,而在現實中生活的人類反抗組織的船長莫菲斯,也一直在矩陣中尋找傳說的救世主
就這樣在人類反抗組織成員崔妮蒂的指引下,兩人見面了,尼奧也在莫菲斯的指引下,回到了真正的現實中,逃離了矩陣,這才瞭解到,原來他一直活在虛擬世界當中
(2003年駭客任務二)
尼奧終於意識到自己的能力和使命,中彈復活後,變成了無所不能的“救世主”,他和女友崔妮蒂,艦長墨菲斯回到了人類的基地錫安,受到人們的熱烈歡迎
此時,“母體”決定先下手為強,派出了兩萬五千隻電子烏賊攻擊錫安基地,墨菲斯、尼奧和崔妮蒂則再次進入“母體”,尋找“制鑰者”,準備從內部破壞,而本該被尼奧消滅的特勤史密斯似乎出了點問題,脫離了“母體”的控制,擁有可怕的複制能力,阻礙尼奧他們的行動
(2003年駭客任務三)
面對如潮的電子烏賊,人類城市危在旦夕,墨菲斯和崔妮蒂等欲與入侵者決一死戰,此時,"救世主"尼奧的身體和思想卻意外分離,後者再度陷入到"母體"中,墨菲斯和崔妮蒂也不得不回到"母體"和守護天使一起尋找他
錫安的局勢越來越危險,機器的攻擊卻絲毫沒有因為人類的反抗而減弱,此時,被叛徒射瞎雙眼的尼奧,依然想通過希望去實現預言,這時,特工史密斯控制了先知,並變得越來越強大,威脅到了整個"母體"的穩定,在返回錫安的途中,飛船遭到電子烏賊的突襲,崔妮蒂死了,重傷的尼奧來到機器城市
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